Über die Genehmigung der Indirekteinleitung entscheidet die Wasserbehörde, die für die Einleitung der kommunalen Kläranlage, der das gewerbliche Abwasser zugeleitet wird, zuständig ist. Sie ist auch für die Überwachung zuständig. Liegt der Ort der Indirekteinleitung außerhalb des Zuständigkeitsbereiches der Erlaubnisbehörde, so entscheidet die für den Ort der Indirekteinleitung zuständige Behörde im Einvernehmen mit der Erlaubnisbehörde.

Es empfiehlt sich daher, zunächst immer den Kontakt zur örtlich zuständigen Wasserbehörde aufzunehmen. Dies sind in der Regel die Landräte der Landkreise oder die Oberbürgermeister der kreisfreien Städte.